L'unico approdo all'isola di Zannone è costituito dall'attracco naturale del "Varo". Da qui l'Isola, può essere percorsa esclusivamente a piedi, attraverso una rete di sentieri che consentono di raggiungere gli ambienti più significativi. In circa venti minuti, si raggiunge la Casa di Custodia, nei pressi della quale si trovano i ruderi di un antico Monastero Benedettino. Proseguendo, si può scegliere tra due percorsi: dal belvedere retrostante la Casa di Custodia, infatti, seguendo i segni di vernice proseguendo verso Monte Pellegrino, si raggiunge una biforcazione. Un sentiero scende sul versante opposto al Varo, attraversando il bosco fino a raggiungere il Faro di Capo Negro. L'altro sentiero sale fino a Monte Pellegrino, e quindi si dispiega, attraverso il Cavone del Lauro, fino a rientrare sul versante meridionale e di qui di nuovo alla Casa di Custodia. I sentieri non sono particolarmente impegnativi hanno un tempo di percorrenza variabile tra una e due ore, e soprattutto in estate, nei tratti esposti al sole possono risultare faticosi. Si consiglia quindi di munirsi comunque, prima di affrontarli, di acqua e di un abbigliamento idoneo, tenendo conto che sull'isola non esistono punti di ristoro.
Recentemente Zannone, una delle più belle isole dell'arcipelago pontino, è divenuta parte integrante del Parco Nazionale. L'isola, conserva ancora un vasto manto di vegetazione autoctona, quasi del tutto assente nelle altre isole, ed è metà di avifauna varia e interessante. Studiosi di Preistoria hanno segnalato la presenza di schegge e lame di ossidiana prodotte dall'uomo in varie località di Zannone, particolarmente concentrate nella regione occidentale dell'isola, tra i ruderi della Badia medioevale e la Cava del Varo.Le schegge sono più frequenti sullo spazio pianeggiante dinanzi ai ruderi (quota 119) e si può presumere che l'abitato preistorico sorgesse nello stesso luogo, in cui nel 1213 fu costruita l'abbazia di S.Maria. Un'altra zona, altrettanto ricca di di ossidante, si trova nella regione centrale dell'isola, ad occidente di quota 159. Non risultano ritrovamenti di ceramiche preistoriche associate al nero vetro vulcanico, pertanto non è facile correlare i ritrovamenti di Zannone a un momento culturale definito.Poiché nella vicina isola Palmorola è presente un giacimento di ossidiana, alcuni Autori ritengono che i commercianti preistorici di questo vetro vulcanico si fermassero a Zannone, provenienti da Palmarola, per rifornirsi di acqua e forse per iniziare lo sgrossamento della materia che veniva trasportata in continente. La diffusione di ossidiana nelle stazioni preistoriche di superficie localizzate nel territorio del Parco , (Torre Paola, Casarini.) ci conferma il grande valore che essa dovette assumere a partire da Neolitico fino all'Età dei Metalli. Infatti l'ossidiana non è presente nelle stazioni preistoriche riferibili alle culture paleolitiche. Ciò può essere messo in relazione al fatto che non risultano nell'Italia continentale giacimenti di ossidiana nella compattezza tale da consentire a fabbricazione di utensili, soltanto popolazioni in possesso di una evoluta scienza della navigazione, potevano raggiungere le rare località insulari in cui essa è presente. Poiché nell'aria tirrenica l'ossidiana si reperisce soltanto in Sardegna, a Lipari, a Pantelleria e a Palmarola, gli antichi navigatori stanziati alle falde del M.Circeo si dirigevano ovviamente , come le analisi geo-chimiche ci hanno confermato su quest'isola affrontando una traversata di 20 miglia.